La labor de la Capellanía del Colegio busca el fortalecimiento de la vida cristiana de todas las personas que integran la familia Alpamayo.

Comprende esta labor la atención sacerdotal que se les brinda a los padres de familia, profesores, personal no docente y a todos los alumnos del Colegio. Además, los sacerdotes están disponibles para proporcionar a quienes lo deseen una orientación espiritual y personal.

Todos los días se celebra la Santa Misa en la capilla del Colegio a la que pueden asistir libremente los alumnos y padres de familia que lo deseen.